Il est élu 5ème agent municipal de Chantonnay, le 30 mars 1798 (10 germinal VI), lors de la nouvelle installation des agents et adjoints municipaux voulue par le Directoire. Comme évoqué, son prédécesseur, Joseph ARNAUD, est nommé adjoint.
Le 9 novembre 1799 (18 brumaire VIII) a lieu le coup d’état qui amène Bonaparte au pouvoir, marquant le début du Consulat. Il maintient, dans un premier temps, les municipalités des cantons. Cependant, trois mois plus tard, le 17 février 1800 (28 pluviôse VIII), une loi territoriale met fin aux différentes administrations. Elle crée le Corps Préfectoral et l’appellation de maire revient. Les officiers municipaux deviennent des conseillers municipaux.
L’élection du maire est supprimée, il est dorénavant nommé. Maires et conseillers deviennent donc des fonctionnaires de fait, choisis sur une « liste de confiance » par le préfet pour les communes de moins de 5 000 habitants, par le Premier Consul pour les autres.
On se souvient que le curé ARNAUD, de retour d’exil a trouvé son église en ruine. Pour en financer la restauration, il appuie une proposition de la commune du 12 mars 1801 (21 ventôse IX) tendant à vendre en terreau la bonne terre d’un jardin adjacent à la cure. Cette même année 1801 est signé un concordat avec le pape Pie VII faisant du clergé français un corps de fonctionnaires de l’État.
À l’issue de la reconstruction de l’église une nouvelle cloche est installée dont le préfet de Vendée, Merlet, a accepté d’être le parrain. Le 18 juillet 1802 (29 messidor X), le maire lui confirme qu’elle s’appellera bien Napoléon, comme il l’a souhaité. Le 24 janvier 1803 (4 pluviôse XI), il écrit au préfet afin de se plaindre « du dit curé Arnaud, qui exige un logement comme le lui attribue la loi du 18 germinal X, mais sans égard à la détresse des propriétaires qui se sont épuisés pour relever leurs maisons incendiées… et faire réparer l’église… ».
1804 est une année importante marquée par la promulgation du code civil fondement du droit français encore aujourd’hui, puis par le décret de fondation de l’Empire français et enfin, le 2 décembre (11 frimaire XIII), par le sacre de Bonaparte Empereur sous le nom de Napoléon Ier.
L’année suivante, 1805, connaît la lourde défaite de Trafalgar mais aussi la prestigieuse victoire d’Austerlitz, également un 2 décembre (11 frimaire XIV).
Jean Auguste BOUTOLLEAU décède, encore maire, le 5 juillet 1806 à l’âge de 45 ans, le calendrier révolutionnaire ayant pris fin le 12 janvier 1806 (22 nivôse XIV).